Ray Manzarek ya estaba en una banda, llamada Rick And The Ravens con su hermano Rick, mientras que Robby Krieger y John Densmore tocaban en The Psychedelic Rangers y conocían a Manzarek de unas clases de meditación. En agosto, Densmore se unió al grupo y con algunos miembros de los Ravens y un bajista no identificado, grabaron el 2 de septiembre una demo de 5 temas. Esta demo fue parcialmente pirateada, y esa fue la única manera de conseguirla hasta su aparición en el Box Set de The Doors, publicado en 1997.
Ese mismo mes, el grupo reclutó al talentoso Robby Krieger y la alineación final —Morrison, Manzarek, Krieger y Densmore— estaba completa. La banda tomó su nombre de un verso del poeta William Blake: "If the doors of perception were cleansed, every thing would appear to man as it is: infinite." (Si las puertas de la percepción fueran depuradas, todo aparecería ante el hombre tal cual es: infinito), que también daba título al libro de Aldous Huxley, The Doors of Perception.
The Doors se diferenciaba de muchos grupos de rock de la época, porque no usaban un bajo en concierto. En vez de esto, Manzarek tocaba las melodías del bajo con la mano izquierda en su novedoso bajo Fender Rhodes, una nueva versión del ya conocido piano Fender Rhodes, y las melodías del órgano con la mano derecha. Sin embargo, el grupo usó algunos bajistas en sus grabaciones de estudio, entre ellos Jerry Scheff, quien tocó luego en más de 1,100 conciertos para Elvis Presley (de 1969 hasta su muerte en 1977), así como Doug Lubahn, Harvey Brooks, Kerry Magness, Lonnie Mack y Ray Neapolitan.
Muchas de las canciones originales se hicieron en conjunto. Morrison aportaba las letras y parte de la melodía, y el resto contribuía con el ritmo y el sentimiento de la canción. Mientras Morrison y Manzarek caminaban por la playa en California, vieron pasar a una mujer negra, y Morrison escribió la letra de "Hello, I Love You" esa misma noche, refiriéndose a ella como la "joya oscura" (dusky jewel). Algunos criticaron la canción por su parecido con el hit de The Kinks' 1965, "All Day and All of the Night," y el vocalista de este grupo, Ray Davies, demandó a The Doors.
Para 1966, el grupo tocaba en el club The London Fog, y ese mismo año se cambió al prestigioso Whisky a Go Go.[1] El 10 de agosto el presidente de Elektra Records, Jac Holzman, los vio debido a la insistencia del vocalista de Love, Arthur Lee, cuyo grupo también estaba en Elektra. El 18 de agosto, después de que Holzman, y el productor Paul A. Rothchild vieran dos actuaciones de la banda en el Whisky A Go Go, la primera algo irregular, pero la siguiente simplemente hipnotizante, The Doors firmó con Elektra. Así empezó lo que sería una significativa relación entre la banda, Rothchild y el ingeniero Bruce Botnick. El 21 de agosto del mismo año, el club despidió a la banda por un incidente en una presentación de "The End", que vendría a anunciar toda la controversia que seguiría al grupo en sus años de historia. Morrison, gritó, en la parte "edípica" de la canción, "Mother? I want to fuck you".
Morrison falleció en confusas circunstancias el 3 de julio; su cuerpo fue encontrado en la bañera. La conclusión fue que murió por un ataque al corazón, aunque se reveló que no se le había hecho la autopsia antes de ser enterrado en el Cementerio Père-Lachaise el 7 de julio. Una versión bastante difundida menciona que el deceso de Morrison se produjo por sobredosis en un bar Parisino llamado "Rock n' Roll circus", más precisamente en los baños del lugar donde el vocalista habría fallecido después de encerrarse para ingerir heroína, siendo su cuerpo trasladado por conocidos a la bañera de su casa. Supuestamente se le habría intentado reanimar allí con agua fría sin éxito. El forense, en su informe oficial, describió el cadáver del cantante como el de "alguien de más de 50 años y 1.90 m. de altura" (Jim en realidad tenía 27 años y su talla oscilaba entre 1.75 m. y 1.78 m., sin sus botas tejanas puestas), lo que nos brinda clara muestra de una negligencia médica que, probablemente, incrementó el mito que rodea la muerte de Morrison. Pamela Courson mantuvo el cuerpo de Morrison durante más de 4 días en el apartamento que compartían, depositando hielo alrededor del mismo para detener parcialmente el proceso de descomposición.